船隊行動組負責調配超過300名船員以管理超過80艘政府船隻，這些船隻包括巡邏小輪、運送小輪、海道測量船、爆炸品運載船和浮躉等。為配合海事處及其他政府部門的行動需要，船隊行動組亦會於公開市場上僱用小輪及拖船服務。

政府新建船舶組負責新政府船隻的採購工作，擔任的角色包括與其他部門聯繫以釐定他們的需求和要求，並設計新建船舶。政府新建船舶組亦會監督新船的建造和試航，以及在新船的保修期內監測新船的性能。

工業安全組負責制定安全指引、進行安全巡查、調查工業意外、提供安全意見和舉辦安全推廣活動。工業安全組確保在政府船塢進行的維修工程符合相關安全規定。

維修及支援組為政府船隻提供定期和緊急的保養和維修服務，及保養位於昂船洲政府船塢內的設施。政府船塢總佔地逾18.1公頃，包括船池面積8.3公頃及岸上面積9.8公頃。船塢備有不同類型的重型起重設備，最重可達750噸，為1 000多艘不同大小的政府船隻的維修基地。

本地船舶部的主要職責是守護本港各類船隻上的乘客及工作人員的安全。為履行上述職責，本地船舶部需對本地船舶進行圖則審批及實際檢驗，以確保船舶的建造及保養符合海事處制訂的安全標準。本地船舶部的檢驗及發證工作亦確保本地船舶符合有關環保的標準。

船員事務及考試部的首要功能是在香港註冊及領牌的船舶上執行有關船員適任方面的本港及國際規範要求。船員事務及考試部負責為在香港註冊船舶及本地船舶工作的船員舉辦各類考試，通過考試的考生會獲發相應的適任證書，並具備資格操作遠洋及本地船舶。船員事務及考試部亦監督香港註冊船舶上海員的僱用合約。

海事意外調查部負責調查所有在香港水域內和香港註冊船舶上發生的海事意外事故。調查員憑藉他們專業的海事知識和經驗，加上出色的蒐證和調查技巧和適當的想像力，以文字重組出意外的經過。在了解意外的來龍去脈後，海事意外調查部會公布調查結果，藉以提升人們海上安全意識，避免同類意外再次發生。

海事意外調查部負責調查所有在香港水域內和香港註冊船舶上發生的海事意外事故。調查員憑藉他們專業的海事知識和經驗，加上出色的蒐證和調查技巧和適當的想像力，以文字重組出意外的經過。在了解意外的來龍去脈後，海事意外調查部會公布調查結果，藉以提升人們海上安全意識，避免同類意外再次發生。

海運政策部主要負責研訂關於海洋環境保護事務，船舶設計與結構、海事工程和消防安全事務，及船舶安全和航行安全事務的政策和法例。海運政策部會與律政司緊密合作制訂法例，落實國際海事組織通過的任何適用於香港的公約及其修正案，如減少溫室氣體排放的規定。

港務部主要負責維持港口運作暢順和航運安全、執行海事法例、以及應對香港水域內的海上緊急事故等。海事督察每日會坐著巡邏船執行不同職務，包括在香港各區水域進行日常巡邏和檢查船隻，以確保它們符合本地海事法例和危險貨物運輸的情況符合國際和本地標準。在大型海事活動、海上遊樂及體育賽事行期間，港務部亦會負責監察及管理海上交通，和檢查參與煙花匯演的船隻。

港務部亦負責為本地船隻提供牌照服務和為所有船隻提供關務服務，並管理私人繫泊設備。

此外，港務部亦會處理公眾的查詢和投訴，推行宣傳及教育海上安全活動。

船隻航行監察中心於1989年成立，全年24小時運作，為船隻提供航行監察服務，並規管海上交通，務求保障香港水域內的船隻航行安全，提高船隻進出香港的效率。這對鞏固香港國際航運中心的地位十分重要。船隻航行監察中心透過雷達、甚高頻無綫電話及一系列其他儀器監察船隻移動情況，一旦船隻的移動情況出現危險，當值的操作員會立即通過甚高頻無線電裝置提醒船方注意，以確保香港水域內的航行安全及高效運作。海事處於2016年引入的第三代航監系統，使用最新的科技以應付未來十年的運作需要。系統設有14枚雷達，能監察全港通航水域，並能同時自動追蹤多達 10 000 個海上目標。航監系統也能接收和顯示船隻經其自動識別系統發送的船隻信息。

香港是世界上最繁忙的港口之一，我們經常能看見很多遠洋船舶進出香港，或在碼頭和海面裝卸貨物，當中不少船舶的註冊地正是香港。事實上，每艘遠洋船舶都會有自己的國藉，而其註冊地就稱作船旗機關。根據總噸位計算，多年來香港船舶註冊穩佔世界第四，並在國際海事領域上被公認為優質船隊。

除船舶註冊外，船舶註冊及品質部會聯同區域支援團隊對香港註冊船舶進行船旗國品質管理檢查，從而提高香港船隊的質素。

船舶安全監督部的驗船主任會為船東提供24小時全方位技術支援，以協助各類香港貨船符合國際海事公約及法定要求。他們還會為跨境高速客船和以香港為基地的郵輪進行檢驗，確保乘客安全。船舶安全監督部亦擔任港口國監督角色，對外來船舶進行安全檢查。

策劃、發展協調及港口保安部負責香港水域港口發展的策略性規劃，以及履行《國際船舶和港口設施保安規則》在港口設施保安方面的要求。策劃、發展協調及港口保安部亦負責編訂及公布港口與海事統計數字和定期進行避風塘面積需求檢討。

海事服務部於香港水域提供各種不同的海事服務，包括管理全港六個公眾貨物裝卸區、提供海上垃圾清潔服務、防止及清理海上溢油，以及根據國際航標協會所訂的指引在香港水域內提供輔航設備及有關的維修保養工作。除此之外，海事服務部亦負責管理港澳碼頭及中國客運碼頭，並為往來上述碼頭至澳門及國內七個港口（即珠海、蛇口、中山、南沙、深圳、琶洲及順德）的跨境渡輪服務提供泊位設施。

海道測量部持續地在本港水域內進行有規劃的海道測量，以收集不同數據和海道資料，包括水深、海床狀況等。透過分析收集的數據，海道測量部會定期編製最新的海圖及出版物，讓港口使用者能獲取最新的資訊，確保海上安全。