船队行动组负责调配超过300名船员以管理超过80艘政府船只，这些船只包括巡逻小轮、运送小轮、海道测量船、爆炸品运载船和浮趸等。为配合海事处及其他政府部门的行动需要，船队行动组亦会于公开市场上雇用小轮及拖船服务。

政府新建船舶组负责新政府船只的采购工作，担任的角色包括与其他部门联系以厘定他们的需求和要求，并设计新建船舶。政府新建船舶组亦会监督新船的建造和试航，以及在新船的保修期内监测新船的性能。

工业安全组负责制定安全指引、进行安全巡查、调查工业意外、提供安全意见和举办安全推广活动。工业安全组确保在政府船坞进行的维修工程符合相关安全规定。

维修及支援组为政府船只提供定期和紧急的保养和维修服务，及保养位于昂船洲政府船坞内的设施。政府船坞总占地逾18.1公顷，包括船池面积8.3公顷及岸上面积9.8公顷。船坞备有不同类型的重型起重设备，最重可达750吨，为1 000多艘不同大小的政府船只的维修基地。

本地船舶部的主要职责是守护本港各类船只上的乘客及工作人员的安全。为履行上述职责，本地船舶部需对本地船舶进行图则审批及实际检验，以确保船舶的建造及保养符合海事处制订的安全标准。本地船舶部的检验及发证工作亦确保本地船舶符合有关环保的标准。

船员事务及考试部的首要功能是在香港注册及领牌的船舶上执行有关船员适任方面的本港及国际规范要求。船员事务及考试部负责为在香港注册船舶及本地船舶工作的船员举办各类考试，通过考试的考生会获发相应的适任证书，并具备资格操作远洋及本地船舶。船员事务及考试部亦监督香港注册船舶上海员的雇用合约。

海事意外调查部负责调查所有在香港水域内和香港注册船舶上发生的海事意外事故。调查员凭借他们专业的海事知识和经验，加上出色的搜证和调查技巧和适当的想像力，以文字重组出意外的经过。在了解意外的来龙去脉后，海事意外调查部会公布调查结果，借以提升人们海上安全意识，避免同类意外再次发生。

海事意外调查部负责调查所有在香港水域内和香港注册船舶上发生的海事意外事故。调查员凭借他们专业的海事知识和经验，加上出色的搜证和调查技巧和适当的想像力，以文字重组出意外的经过。在了解意外的来龙去脉后，海事意外调查部会公布调查结果，借以提升人们海上安全意识，避免同类意外再次发生。

海运政策部主要负责研订关于海洋环境保护事务，船舶设计与结构、海事工程和消防安全事务，及船舶安全和航行安全事务的政策和法例。海运政策部会与律政司紧密合作制订法例，落实国际海事组织通过的任何适用于香港的公约及其修正案，如减少温室气体排放的规定。

港务部主要负责维持港口运作畅顺和航运安全、执行海事法例、以及应对香港水域内的海上紧急事故等。海事督察每日会坐着巡逻船执行不同职务，包括在香港各区水域进行日常巡逻和检查船只，以确保它们符合本地海事法例和危险货物运输的情况符合国际和本地标准。在大型海事活动、海上游乐及体育赛事行期间，港务部亦会负责监察及管理海上交通，和检查参与烟花汇演的船只。

港务部亦负责为本地船只提供牌照服务和为所有船只提供关务服务，并管理私人系泊设备。

此外，港务部亦会处理公众的查询和投诉，推行宣传及教育海上安全活动。

船只航行监察中心于1989年成立，全年24小时运作，为船只提供航行监察服务，并规管海上交通，务求保障香港水域内的船只航行安全，提高船只进出香港的效率。这对巩固香港国际航运中心的地位十分重要。船只航行监察中心透过雷达、甚高频无线电话及一系列其他仪器监察船只移动情况，一旦船只的移动情况出现危险，当值的操作员会立即通过甚高频无线电装置提醒船方注意，以确保香港水域内的航行安全及高效运作。海事处于2016年引入的第三代航监系统，使用最新的科技以应付未来十年的运作需要。系统设有14枚雷达，能监察全港通航水域，并能同时自动追踪多达 10 000 个海上目标。航监系统也能接收和显示船只经其自动识别系统发送的船只信息。

香港是世界上最繁忙的港口之一，我们经常能看见很多远洋船舶进出香港，或在码头和海面装卸货物，当中不少船舶的注册地正是香港。事实上，每艘远洋船舶都会有自己的国借，而其注册地就称作船旗机关。根据总吨位计算，多年来香港船舶注册稳占世界第四，并在国际海事领域上被公认为优质船队。

除船舶注册外，船舶注册及品质部会联同区域支援团队对香港注册船舶进行船旗国品质管理检查，从而提高香港船队的质素。

船舶安全监督部的验船主任会为船东提供24小时全方位技术支援，以协助各类香港货船符合国际海事公约及法定要求。他们还会为跨境高速客船和以香港为基地的邮轮进行检验，确保乘客安全。船舶安全监督部亦担任港口国监督角色，对外来船舶进行安全检查。

策划、发展协调及港口保安部负责香港水域港口发展的策略性规划，以及履行《国际船舶和港口设施保安规则》在港口设施保安方面的要求。策划、发展协调及港口保安部亦负责编订及公布港口与海事统计数字和定期进行避风塘面积需求检讨。

海事服务部于香港水域提供各种不同的海事服务，包括管理全港六个公众货物装卸区、提供海上垃圾清洁服务、防止及清理海上溢油，以及根据国际航标协会所订的指引在香港水域内提供辅航设备及有关的维修保养工作。除此之外，海事服务部亦负责管理港澳码头及中国客运码头，并为往来上述码头至澳门及国内七个港口（即珠海、蛇口、中山、南沙、深圳、琶洲及顺德）的跨境渡轮服务提供泊位设施。

海道测量部持续地在本港水域内进行有规划的海道测量，以收集不同数据和海道资料，包括水深、海床状况等。透过分析收集的数据，海道测量部会定期编制最新的海图及出版物，让港口使用者能获取最新的资讯，确保海上安全。